বার্ধক্যজনিত কারণে তিনি ৯৬ বছর বয়সে ঢাকার একটি বেসরকারি  হাসপাতালে শেষ নিঃশ্বাস ত্যাগ করেন। তাঁর প্রথম জানাজার নামায কুমিল্লা সিটির তালপুকুর পাড়ে  দুপুর ১২ টায় অনুষ্ঠিত হয়। পরে মরহুমের গ্রামের বাড়ি কলাকান্দি গ্রামে বাদ আসর  দ্বিতীয় জানাযা অনুষ্ঠিত হয়।  জানাযায় দলমত নির্বিশেষে হাজারো মানুষের ঢল নামে।

জানাযার পূর্বে মরহুমের কর্মময় জীবন নিয়ে কথা বলেন  উপস্থিত সুধীজন । তারা বলেন, তিনি একজন ভালো মানুষ ছিলেন। তিনি নিজেই ছিলেন একটি প্রতিষ্ঠান।  বিএনপির রাজনীতির সাথে তিনি সম্পৃক্ত হলেও সকলের সাথে তাঁর ছিল একটি নিবিড়  সম্পর্ক।  ঠান্ডা মেজাজের এই লোকটি আজীবন মানুষের কল্যাণে কাজ করে গেছেন। সকলে খাজা মোহাম্মদ আলীর জান্নাত কামনা করেন।

যারা কথা বলেন তারা হলেন, তিতাস উপজেলা  বিএনপির সাধারণ সম্পাদক ওসমান গণি  ভূইয়া, হোমনা উপজেলা পরিষদের সাবেক চেয়ারম্যান  এড. আজিজুর রহমান, তিতাস উপজেলা আ'লীগের যুগ্ম সাধারণ সম্পাদক মোঃ নাসির উদ্দিন,  ৫ নং কলাকান্দি ইউনিয়ন পরিষদের বর্তমান চেয়ারম্যান মোঃ হাবিবুল্লাহ বাহার, জাহাপুর ইউনিয়ন পরিষদের সাবেক চেয়ারম্যান তৌফিক মীর, মাছিমপুর আর আর ইনস্টিটিউশন এর প্রধান শিক্ষক মাহফুজুর রহমান চৌধুরী,  মরহুমের ছেলে ব্যারিস্টার এম আক্তারুজ্জামান ও কলাকান্দি ইউনিয়ন ছাত্রদলের সাধারণ সম্পাদক এম আই টিপু  প্রমুখ।

এ সময় উপস্থিত ছিলেন তিতাস উপজেলা যুবলীগ নেতা আঃ করিম মুন্সি,  মোঃ ইব্রাহিম সরকার,  বিএনপি নেতা মোয়াজ্জেম হোসেন সরকার, কলাকান্দি ইউনিয়ন যুবলীগের সভাপতি ইকবাল হোসেন বাবুল, কলাকান্দি ইউনিয়ন যুবদলের সভাপতি মোঃ এমরান সরকার, সাধারণ সম্পাদক হাজি মোস্তফা সরকার, কলাকান্দি ইউনিয়ন  আ'লীগের সাবেক সভাপতি মোঃ সিরাজুল ইসলাম, তিতাস উপজেলা বিএনপির কোষাধ্যক্ষ

মোঃ জসিম মুন্সি, ধর্ম বিষয়ক সম্পাদক রিপন হাসান নিপু, কলাকান্দি ইউনিয়ন স্বেচ্ছাসেবক দলের সভাপতি মোঃ আলমগীর হোসেন ও আ'লীগ নেতা আতাউর রহমান শানু প্রমুখ।  এই দিকে খাজা মোহাম্মদ আলীর মৃত্যুতে গভীর শোক জানিয়েছেন কুমিল্লা - ২ ( তিতাস-হোমনা) আসনের সংসদ সদস্য  সিআইপি সেলিমা আহমাদ মেরী, তিতাস উপজেলা পরিষদের চেয়ারম্যান মোঃ পারভেজ হোসেন সরকার ও বিএনপির  জাতীয় স্থায়ী কমিটির সদস্য ও সাবেক মন্ত্রী  ড. খন্দকার মোশাররফ হোসেন।

জানাযা পড়িয়েছেন মরহুমের নাতি হাফেজ আরিফ বিল্লাহ।